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iOS 14中的短信验证码自动填充功能是为了方便用户更快地验证并登录应用程序或服务。然而，如果验证码被自动填充两次，可能是以下几种原因导致的。
1、系统Bug：可能是iOS系统的Bug导致的自动填充出现问题，此时可以尝试重启设备或更新系统到最新版本，看是否能解决问题。
2、应用问题：某些应用可能存在与iOS系统不兼容或不稳定的问题，导致验证码被自动填充两次，此时可以尝试更新应用或卸载并重新安装应用。
3、输入错误：在某些情况下，用户可能在接收到验证码后手动输入了一次，然后又通过自动填充功能填充了一次，导致验证码被填充两次，此时需要仔细检查输入情况，确保只使用自动填充功能。
针对这个问题，可以尝试以下解决方案：
1、检查应用权限：确保应用程序具有访问短信的权限，并检查是否开启了自动填充验证码的功能。
2、手动删除自动填充的内容：在设置中手动删除保存的验证码信息，确保不会自动填充错误的验证码。
3、更新系统和应用：确保操作系统和应用程序都是最新版本，以减少因兼容性问题导致的错误。
如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服或相关应用程序的开发者寻求帮助。